課程規劃
一、修業年限：二年。
二、畢業學分至少24學分：必修10學分、選修14學分、碩士論文學分6學分另計。
三、必修課程及教學目的：
- 畢業前需自行選擇專業選修課程至少 14 學分，以達成最低學分數要求。
- 鼓勵同學修習其它選修課程以發展多元能力。
- 以英文製作專題討論，且能順暢表達。
- 參加國內外研討會並發表研究成果。
| 年級 | 類別 | 課程名稱 | 學分 | 教師 | |
| 一 | 必修 | 中醫藥研究專論 | 1 | 林宜信 | |
| 中醫藥專題討論(一) | 1 | 林宜信/張恆源 | |||
| 醫學教育理論專論 | 1 | 謝至鎠 | |||
| 中草藥藥效篩選專論 | 1 | 張恆源 | |||
| 中草藥藥效篩選實驗 | 1 | 賴尚志 | |||
| 中醫藥專題討論(二) | 1 | 黃蕙棻/賴尚志 | |||
| 中醫藥現代化研究 | 1 | 林佑融 | |||
| 研究發表與論文寫作 | 1 | 許景盛 | |||
| 學術研究倫理 | 0 | 林佑融 | |||
| 必修學分合計 | 5 | 3 | |||
| 選修 | 中醫期刊文獻選讀 | 1 | 沈炫樞 | ||
| 儀器分析 | 1 | 翁銘彣 | |||
| 台灣中醫學史專論 | 1 | 黃蕙棻 | |||
| 中西醫結合骨傷科臨床研究 | 1 | 黃蕙棻 | |||
| 藥用植物組織培養 | 1 | 周帛暄 | |||
| 儀器分析實驗 | 1 | 翁銘彣 | |||
| 中西醫結合神經科學專論 | 1 | 郭啟中 | |||
| 中西醫藥整合研究方法專論 | 1 | 郭克林 | |||
| 科學研究方法 | 1 | 黃玄禮 | |||
| 生命醫療史專論 | 1 | 郭啟中 | |||
| 內經與醫易學專論 | 1 | 黃蕙棻 | |||
| 中西醫結合內科臨床研究 | 1 | 林宜信 | |||
| 中西醫結合兒科臨床研究 | 1 | 楊成湛 | |||
| 中醫電腦資訊應用專論 | 1 | 陳逸光 | |||
| 台灣藥用植物臨床應用 | 1 | 張恆源 | |||
| 選修學分合計 | 5 | 10 | |||
| 年級 | 類別 | 課程名稱 | 學分 | 教師 | |
| 二 | 必修 | 中醫藥專題討論(三) | 1 | 何宗融/吳炫璋 | |
| 中醫診療專論 | 1 | 楊成湛 | |||
| 必修學分合計 | 2 | – | |||
| 選修 | 中醫診療特論實作 | 1 | 楊成湛 | ||
| 台灣藥用植物栽培 | 1 | 周帛暄 | |||
| 中西醫結合婦科臨床研究 | 1 | 吳炫璋 | |||
| 中藥資訊研究專論 | 1 | 賴尚志 | |||
| 醫用營養學專論 | 1 | 郭克林 | |||
| 中醫典籍文獻選讀 | 1 | 吳炫璋 | |||
| 中西醫結合針灸科臨床研究 | 1 | 何宗融 | |||
| 中西藥學專論 | 1 | 張恆源 | |||
| 歷代名醫專論 | 1 | 吳炫璋 | |||
| 中西醫臨床結合醫學專論 | 1 | 邱國樑 | |||
| 選修學分合計 | 5 | 5 | |||